Этот период ознаменовался тяжелыми испытаниями: в годы Великой Отечественной войны перед коллективом Уралтранспроекта встала грандиозная задача по обеспечению проектно-сметной документацией многочисленных транспортных объектов в связи с резким увеличением объема перевозок сначала для нужд фронта, а затем для восстановления разрушенного народного хозяйства.

«Уралтранспроект» получает государственный статус путем реорганизации в Уральский Государственный проектно-изыскательский институт «Уралгипротранс» Министерства путей сообщения СССР. С появлением Министерства транспортного строительства переходит под его руководство. В портфеле заказов института появляются новые отраслевые объекты строительства: автомобильные дороги, объекты индустриальной базы строительных предприятий, сельского хозяйства, проектно-изыскательские работы по электрификации железных дорог.

География работ института расширяется по всей стране: от центральных регионов до Дальнего Востока, от Заполярья до берегов Каспия, а также за границей – Сирия, Алжир, Мозамбик, Монголия, Гвинея, Турция, Куба. После приобретения первой электронно-вычислительной машины открывается новая эра в организации работы института – автоматизированное производство.

Объем выполняемых институтом проектно-изыскательских работ вырастает в 2 раза, а численность – до 1100 человек. В тематическом плане института появляются такие крупные объекты, как строительство железнодорожных линий на Байкало-Амурской магистрали и Свердловский (Екатеринбургский) метрополитен.

Происходит переход к рыночной экономике: все проектно-изыскательские организации переводятся на полный хозяйственный расчет и самофинансирование. Коллектив института принимает активное участие в устранении последствий техногенной катастрофы, произошедшей в 1988 году в результате взрыва в нечетном парке станции Свердловск-Сортировочный, вызвавшей значительные разрушения.

Государственный проектно-изыскательский институт «Уралгипротранс» преобразовывается в акционерное общество открытого типа – ОАО «Уралгипротранс». Распад СССР приводит к обрушению экономики и резкому сокращению объемов проектно-изыскательских работ. Однако, массового сокращения штата высококвалифицированных специалистов удается избежать и институт сохраняет комплексность выполнения проектно-изыскательских работ всех сфер транспортного строительства.

Постепенно увеличивается объем инвестиций в капитальное строительство, намечается постоянный рост объемов ПИР. Коллектив пополняется молодыми, перспективными кадрами. Работники института обеспечиваются персональными компьютерами и программными средствами, современными инструментами и оборудованием для производства инженерных изысканий (электронные тахеометры, электронные и оптические нивелиры, трассоискатели и пр.). Выработка на одного работающего увеличивается более чем в 3 раза.

В институте работает система ускоренного повышения квалификации: стартует образовательная программа «Школа ГИПов», направленная на обучение и профессиональную подготовку перспективной молодежи. Институт становится членом саморегулируемых организаций: СРО "Объединение проектных организаций транспортного комплекса и СРО "Центральное объединение организаций по инженерным изысканиям для строительства "Центризыскания".

Институт выполняет собственными силами все виды проектных работ и полный комплекс инженерных изысканий, располагая высококвалифицированными специалистами, мощной базой буровой и автотранспортной техники, современными геодезическими приборами, грунтоведческой лабораторией. Имеется большой опыт выполнения работ на территориях со сложными инженерно-геологическими условиями с распространением специфических грунтов и вечной мерзлоты и с развитием природных и техногенных процессов.